O Saeb não tem o objetivo de definir a aprovação ou reprovação, mas sim avaliar o aprendizado realizado ao longo da trajetória escolar do aluno. Assim, são avaliadas habilidades relativas a anos anteriores ao que ele está matriculado e também a anos posteriores. O conjunto dessas habilidades são organizadas em competências.Desde de 1995 o Saeb testa os alunos em duas competências em todas as etapas de ensino:

• Matemática: Capacidade de resolução de problemas matemáticos
• Língua Portuguesa: Leitura e interpretação de textos.

Em 2018 as Matrizes de referência de Ciências Humanas e da Natureza foram elaboradas para fazer parte da prova bienalmente no 9º ano. Apesar de ter a matriz publicada apenas em 2020, em algumas escolas as disciplinas já foram aplicadas como teste no Saeb 2019, mas sem divulgação dos resultados.

Como são escolhidas as competências e habilidades

Para selecionar quais as competências e habilidades das disciplinas que seriam avaliadas, o Inep baseou-se nos Parâmetros Curriculares Nacionais, nos currículos adotados pelas Secretarias Estaduais de Educação e por algumas redes municipais para as séries e disciplinas avaliadas, além de consultar os livros didáticos mais utilizados por professores das rede de ensino públicas e privadas.

O resultado desse trabalho foi organizado nas Matrizes de Referência, que são a referência para a construção dos itens (questões) do Saeb.